Kaynaklar

Problem çözerek biyoinformatik öğrenin. Python, algoritmalar ve klasik biyoinformatik problemlerini interaktif olarak kapsar.

Kapsamlı bir biyoinformatik eğitimi için ücretsiz, açık kaynaklı ve kendi hızınızda ilerleyebileceğiniz müfredat.

Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü'nden biyoinformatik, genomik, proteomik ve veri analizi alanlarında ücretsiz çevrimiçi kurslar.

Harvard Chan Biyoinformatik Çekirdeği'nin RNA-seq, ChIP-seq, tek hücreli RNA-seq ve daha fazlasını kapsayan atölye materyalleri.

Galaxy kullanarak veri analizi için yüzlerce ücretsiz, topluluk tarafından geliştirilmiş eğitim — genomikten proteomike ve görüntülemeye kadar.

Açık kaynaklı araçlar ve Python kullanan bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) öğretim platformu. Charité Berlin'deki Volkamer Lab tarafından geliştirilmiştir.

Biyoloji ve biyoinformatiğe odaklanan, açık anlatımıyla istatistik ve makine öğrenimi kavramlarını ele alan YouTube kanalı.

Araştırmacılar için tasarlanmış Shell, Git, Python ve R derslerini içeren uygulamalı veri ve hesaplama becerileri materyalleri.

Pavel Pevzner ve Phillip Compeau'nun (UC San Diego) hazırladığı, algoritmaları ve dizi analizini kapsayan yedi derslik uzmanlaşma programı.

Justin Lemkul'un en yaygın kullanılan GROMACS eğitim serisi. Protein-ligand sistemleri, membranlar, serbest enerji hesaplamaları ve daha fazlasını kapsar.

Illinois Üniversitesi Teorik ve Hesaplamalı Biyofizik Grubu'nun resmi NAMD eğitimleri. Dengeleme, yönlendirilmiş MD, serbest enerji ve daha fazlasını kapsar.

Karmaşık biyomoleküler sistemler oluşturmak için web tabanlı platform. GROMACS, NAMD, AMBER ve CHARMM için çalışmaya hazır girdi dosyaları üretir.

Jupyter notebook tabanlı bilgisayar destekli ilaç tasarımı öğretim platformu. Açık kaynaklı, Python tabanlı; ligand ve yapı tabanlı yaklaşımları kapsar.

MD simülasyon analizi için Galaxy tabanlı iş akışları — GROMACS, MDAnalysis ve görselleştirme araçlarını tekrarlanabilir bir pipeline'da entegre eder.

Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi — GenBank, PubMed, BLAST, RefSeq ve daha pek çok temel veritabanının evi.

Swiss-Prot (küratörlü) ve TrEMBL (otomatik) bölümlerini kapsayan kapsamlı protein dizisi ve fonksiyonel açıklama veritabanı.

X-ışını, NMR ve kryo-EM ile belirlenen proteinlerin, nükleik asitlerin ve kompleks yapıların 3B yapısal verilerinin arşivi.

DeepMind ve EMBL-EBI tarafından üretilen, neredeyse tüm bilinen proteinler için yapay zeka tarafından tahmin edilmiş protein yapıları.

EMBL-EBI tarafından yönetilen, omurgalı ve model organizma genomları için genom tarayıcısı ve açıklama veritabanı.

Yüksek işlem hacimli gen ekspresyonu ve fonksiyonel genomik verileri (mikrodizi, RNA-seq, ChIP-seq vb.) için herkese açık depo.

Deney, metin madenciliği ve genomikten elde edilen verileri entegre eden bilinen ve tahmin edilen protein-protein etkileşim veritabanı.

Kyoto Genlerin ve Genomiğin Ansiklopedisi — biyolojik yollar, hastalıklar, ilaçlar ve genomlar için referans veritabanı.

Tek hücreli genomik ve uzamsal transkriptomik kullanarak insan vücudundaki her hücre tipini haritalamaya yönelik uluslararası girişim.

İnsan dokularındaki gen ekspresyonu verileri ve bunları düzenleyen genetik varyantlar (eQTL'ler).

Küratörlü, hakemli Nextflow pipeline'larını bir araya getiren topluluk girişimi. RNA-seq, ChIP-seq, tek hücre, varyant çağırma ve daha fazlasını kapsayan 100+ pipeline.

Komut satırı gerektirmeyen, erişilebilir ve tekrarlanabilir biyoinformatik analiz için web tabanlı platform.

Diferansiyel ekspresyon, ChIP-seq, tek hücreli analiz ve daha fazlası için açık kaynaklı R paketleri.

Broad Enstitüsü'nün Genom Analiz Araç Seti — yüksek işlem hacimli dizileme verilerinde varyant keşfi için endüstri standardı araçlar.

HPC ve bulut ortamlarında ölçeklenebilir ve tekrarlanabilir biyoinformatik pipeline'ları için reaktif iş akışı çerçevesi.

Tekrarlanabilir ve ölçeklenebilir veri analizleri için Python tabanlı iş akışı yönetim sistemi.

Temel Yerel Hizalama Arama Aracı — nükleotid veya protein dizileri ile veritabanı girdileri arasındaki benzerlik bölgelerini bulun.

Biyolojik ağları ve yolları görselleştirmek ve analiz etmek için açık kaynaklı platform.

Genomik verilerin interaktif olarak keşfedilmesi için yüksek performanslı masaüstü ve web uygulaması.

Biyoinformatik için soru-cevap forumu — göndermeden önce arayın, cevap büyük ihtimalle zaten oradadır.

ISCB bünyesindeki, hesaplamalı biyoloji öğrencileri ve genç araştırmacılar için uluslararası organizasyon.

Organizasyonumuzun GitHub sayfası — RSG Türkiye etkinliklerinden geçmiş eğitim materyalleri, scriptler ve kaynaklar.