RSG Turkiye Logo

Blog

Topluluğumuzdan en son haberler, içgörüler ve güncellemeler

Zeynep Vurat

Biyolojik Büyük Veri Düğümünden Anlamlı Bilgiye: Biyoinformatik ve Uygulamaları

Bilgisayar algoritmaları kullanarak dakikalar içinde protein yapısını tahmin edebildiğimizi duymuşsunuzdur. Bu teknolojiler ortaya çıkmadan önce protein yapılarını tahmin etmek için laboratuvarda yıllar süren zahmetli çalışmalar gerekiyordu. Peki ne değişti de işimiz bu kadar kolaylaştı? Hesaplamalı yöntemler ve gelişmiş algoritmalar sayesinde artık hastalığımıza özel tedavi planlarını genetik bilgilerimize göre kişiselleştirebilmemiz mümkün görünüyor. Bu gelişmeler maliyetli ve

Fatma Betul Dincaslan

Biyoenformatik: Nerden Başlamalı?

Biyoi(/e)nformatikle ilgili nerden/nasıl başlasam derdine çözüm sunmak için sadeleştirilmiş kaynak listesi. [ENG] Beginner friendly bioinformatics resources. Merhabalar,Yakın zamanda benden istenen tavsiye için kısaca derlediğim kaynakları paylaşacağım. Biyoinformatiğin veyahut yeni bir alana geçmenin en büyük sıkıntısı, nerden başlayacağını bil(e)memek olabilir. Özellikle çok fazla kaynak oluşmuşsa, bunu düşünürken bile insan yoruluyor. 2022’de med&omics için bir kaynak listesi

Fatma Betul Dincaslan

Med&Omics: Hekimler için Biyoinformatik

Yazarlar: Ali Osman Çetin, Mustafa Güven, Fatma Betül Dinçaslan Hepimizin bildiği üzere yaşam bilimleri, çok disiplinli bir yapıda. Bu büyük bilgi birikimi içerisinde yaşam bilimlerini bütüncül bir bakış açısıyla anlayabilmek önem arz ediyor. Diğer disiplinler hakkında bilgi sahibi olmak, bu bütüncül bakış açısına katkıda bulunacaktır. Bizim çalışma grubumuz, özellikle klinik alanda deneyim kazanmış tıp doktoru

Fatma Betul Dincaslan

Plot plot veri görselleştirme: Zamanda Yolculuk

Geçtiğimiz yazıda (bkz: Plot plot veri görselleştirme: Volkan Plot), verimiz kadar onun nasıl sunulduğunun veriyi ve hikayeyi doğru anlamak açısından ne kadar önemli olduğundan bahsetmiştim. Bunun yanı sıra, aynı yazının devamında bir arkadaşımın sorusu üzerine, Volkan Plot nasıl çizilir ve nasıl yorumlanır ile (kendi yüksek lisans tezimden figürle) bir örnek plot çizimi eklemiş ve ne

Fatma Betul Dincaslan

A genuine type of plotting with ggplot2: Part-1

We continue with the tutorial posts regarding data visualization. The first post was about Volcano Plot and how to interpret (in Turkish). Today, I will share the modified version of one example(original codes are here) I’ve used recently while I was writing a literature review for my research proposal. mtcars is a very well known

Yasin Kaya

RSG TURKEY Webinar + Tutorial

Translational control of cancer and stromal cells – Dr. Ola Larsson AbstractEstrogen receptor alpha (ERα) activity is associated with increased cancer cell proliferation. Studies aiming to understand the impact of ERα on cancer-associated phenotypes have largely been limited to its transcriptional activity. Herein, we demonstrate that ERα coordinates its transcriptional output with selective modulation of

Alp Tegin Sahin

AutoDock4 kullanılarak Moleküler Docking Çalışması

Molecular Docking, Newton dinamiklerini, termodinamiksel ve kimyasal hesaplamaları kullanarak iki molekülün (Reseptör-Ligand) kimyasal ve fiziksel özelliklerine bağlı olarak oluşturabileceği en stabil yapıyı bulabilmek için, yapısal biyoloji alanında çok sık kullanılan bir yöntemdir. Moleküler Kenetlenme, hücre içinde bulunan komplekslerin (protein-protein, protein-ligand protein-antibody) anlık bir görüntüsünü bilgisayar ortamında oluşturup inceleyebilmemize olanak sağlar. Bu çalışmalar ise ilaç geliştirme

Fatma Betul Dincaslan

Zarf Atmadan Ortalama İfade Mitine: Omik Alanının Çok Kısa Evrimi ve Tek Hücre Yöntemlerin Doğuşu

Açı/Görüş “Gestalt: something that is made of many parts and yet is somehow more than or different from the combination of its parts”(0)- bir şey pek çok parçadan oluşsa da bütünün kendisi, bu parçaların birleşiminden fazlasını ifade eder. https://www.merriam-webster.com/dictionary/gestalt “Genomics, trancriptomics, proteomics, metabolomics…”, fakat nedir bu “-omics”? Aslında bir alana dair bütünlüğü ifade eden bir

Fatma Betul Dincaslan

Örneklerle Primer Dizaynı

Covid19 ile hiç duymamış olanların bile öğrendiği bir lab tekniği olan, moleküler bioyolojide yeni bir devir açan Nobelli teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)’dan esinlenen bir method olarak kullandığımız qPCR (quantitative PCR)’ın temelinde iyi bir primer dizaynının yattığını söylemek yanlış olmaz sanırım. Kısaca, hedeflediğiniz sekansı çoğaltmak için baştan ve sondan 15-25 nucleotid dizisi uzunluğundaki “primer”leri polimeraz

Örneklerle Primer Dizaynı

Covid19 ile hiç duymamış olanların bile öğrendiği bir lab tekniği olan, moleküler bioyolojide yeni bir devir açan Nobelli teknik PCR (Polymerase Chain...

gen-ifadesiin-silico-pcrprimer-dizayni
Cemil Can Saylan

AMBER kullanarak Moleküler Dinamik Simülasyon

Moleküler Dinamik Simülasyon Nedir ? Moleküler dinamik (MD) simülasyonları, kabaca tabir etmek gerekirse, temeli klasik mekanik olarak da adlandırılan Newton’nun hareket kanunlarını kullanarak (Newton’s laws of motion) bir protein veya molekülün atomlarının zamana göre hareketini tahmin eder. Gününümüzde çok sıklıkla başvurulan bir yöntem olmasına rağmen geçmişi 1950’lere kadar dayanıyor. 1950’lerin sonunda, B. J. Alder and

Handan Çetin

Metabolizmanın Matematiksel Modellenmesine Giriş

Aşağıdaki figürdeki gibi basit bir hücre düşünün: A metaboliti hücreye b1 hızında girebiliyor ve bu metabolit hücre içerisinde sırasıyla v1 ve v2 hızlarında B ve C metabolitlerine dönüşebiliyor. Aynı anda C metaboliti v3 hızında A’ya geri dönüşebiliyor. Tabii bütün bu dengeyi enzim kinetiklerini hesaba katmadan ve kütle dengesinin sağlandığını varsayarak kurmalıyız (bu cümle yazının devamında

Fatma Betul Dincaslan

Plot plot veri görselleştirme: Volkan Plot

Renklerin İfade Etmek İstedikleri Veri görselleştirme, verinin kendisi kadar önemli bir alan. Bilgiyi alıcıya aktaracak olan bu görseller. Kaldı ki bizler gibi büyük veri (big data & meta data) ve birçok disiplini bir araya toplayan disiplinlerarası (interdisciplinary) çağında yaşayan bilim insanları için, “araştırma hikayesini” anlatabilmenin en önemli yollarından biri de bu görsel sunum şölenleri olan

Tülay Karakulak

Life Science Zurich Graduate School

Herkese merhabalar! Merak edenler için Life Science Zurich Graduate School‘a başvuru ve mülakat sürecini anlatacağım. Öncelikle, lütfen yazdıklarımı genel geçer kurallar olarak değil, sadece kişisel deneyim olarak görünüz ve programın websitesini inceleyerek en doğru ve güncel bilgilere ulaşınız 🙂 Program ile alakalı tüm bilgilere şuradan ulaşabilirsiniz: https://www.lifescience-graduateschool.uzh.ch/en.html. Burada bahsedeceğim bilgilerin birçoğuna ve belki daha fazlasına linkin

RSG Turkiye

RSG Türkiye Çeviri Ekibine Yeni Arkadaşlar Arıyor!

Webinar videolarımıza altyazı ekleyerek ve hazırladığımız içerikleri Türkçeye çevirerek daha geniş bir kitleye ulaşmamıza ve daha faydalı olmamıza katkıda bulunmak ister misiniz? Gelin çeviri ekibimize katılın, tüm Türkiye Hesaplamalı Biyoloji Camiası için faydalı bir iş yaparken aynı zamanda hem kendimizi hem de CVmizi geliştirelim! Aradığımız tek özellik İngilizce ve Türkçeye iyi derecede hakim ve hesaplamalı

RSG Turkiye

Antik ve Modern DNA İnsanlık Geçmişimiz Hakkında Bize Neler Söylüyor?

Başlık: What ancient and modern DNA tells us about our human past? Sunucu: Dr. Stephan Schiffels from Max Planck Institute for the Science of Human History Tarih: 12 Aralık, 2018 Dil: İngilizce Özet: İnsan geçmişimiz, popülasyon büyüklüğündeki değişiklikler, karışım olayları ve göç kalıpları yoluyla genomlarımızda izler bırakıyor. Bu nedenle, genetik analizler aracılığıyla, insanlık tarihini genomlarımızdan okuyabiliyoruz;

2018 RSG Türkiye Etkinlikleri

2019 yılı hızla yaklaşırken, 2018 yılında neler yaptık kısaca özetlemek istedik! Bu yıl, etkinliklerimizin hız kazanmasıyla aktif üye grubumuzda ciddi bir...

RSG Turkiye

HIBIT 2018 Ardından

Bu sene ISCB-SC-RSG Türkiye grubu olarak 5.sini gerçekleştirdiğimiz öğrenci sempozyumumuzun detaylarını sizinle paylaşmaktan mutluluk duyuyoruz! Öğrenci sempozyumumuz 25-27 Ekim tarihleri arasında gerçekleşen HIBIT 2018’in 3.gününde Falez Uygulama Oteli’nde harika bir katılımla gerçekleşti. Öğrenci sempozyumu düzenlerken başlıca hedeflerimiz yüksek lisans ve doktora öğrencileri ile akademisyenleri bir araya getirmek, kariyer tercihlerimiz hakkında konuşmak, öğrenmek ve bildiklerimizi aktarmak ve

RSG Turkiye

Bütünleştirici Tek Hücre ve Toplu Sıralama Kullanan Kanser Biyobelirteçleri

Başlık: Cancer Biomarkers Using Integrative Single Cell and Bulk Sequencing Sunucu: Akdeş Sevim Harmancı Tarih: 23 Ekim, 2018 Dil: İngilizce Özet: Kanser genomik ve epigenomik değişikliklerin bir hastalığıdır. Tek nükleotid değişiklikleri, kopya sayısı varyasyonları (CNV), kromozomal yeniden düzenlemeler ve DNA metilasyonundaki modifikasyonlar birlikte bir tümör oluşumunu tetikler. Kanser araştırmalarındaki bütünleştirici ‘omik’ yaklaşımlar, tümör biyolojisinin daha

RSG Turkiye

Solid Tümör Kanserlerinin Genomik Profilinin Çıkarılması İçin FoundationOne® Testi

Başlık: Solid Tümör Kanserlerinin Genomik Profilinin Çıkarılması İçin FoundationOne® Testi Sunucu: Dr. Abdullah Karaman,  University Hospital Zurich Tarih: 5 Ekim, 2018 Dil: İngilizce Özet: Kapsamlı genomik tümör profili oluşturma, modern kanser teşhisi ve tedavisinde hassas tıbbın temelidir. Kanser genomlarının profilini çıkarma ve bireysel tümörlerdeki sürücü mutasyonları belirleme olanağı, onkologların kanseri teşhis etme, tedavilere karar verme ve

RSG Turkiye

Büyük Ölçekli Biyolojik Verilerin Derin Öğrenme Yaklaşımlarıyla Hesaplamalı Analizi ve Entegrasyonu

Başlık: Büyük Ölçekli Biyolojik Verilerin Derin Öğrenme Yaklaşımlarıyla Hesaplamalı Analizi ve Entegrasyonu Sunucu: Dr. Tunca Doğan, EMBI – EBI & METU Tarih: 2 Ağustos, 2018 Dil: İngilizce Özet: Kamu sunucularında biriken büyük ölçekli ve gürültülü biyolojik/biyomedikal verileri anlamlandırmak için makine öğrenimi ve veri madenciliği teknikleri sıklıkla kullanılmaktadır. Bu çabanın kilit konularından biri, proteinlerin işlevleri ve

RSG Turkiye

Tümörlerdeki Ardışık Kısa Tekrar Dizileri ve İmmünoterapi

Temmuz ayında gerçekleştirdiğimiz webinar; Lozan Üniversitesi, Hesaplamalı Biyoloji Departmanından Tuğçe Bilgin Sonay tarafından verildi. Bu oturumda Tuğçe, kendi çalışmalarının yanı sıra dünyada bu alanda nasıl çalışmalar yapıldığı hakkında bilgi verdi. Konuşmanın başında kısa tekrar dizilerine (KAT) nasıl bakıldığı, KAT’ların fenotip, gen ifadesi, epigenetik üzerine etkileri hakkında genel bir giriş yaptı. Konuşmanın odak noktaları ise: (1)

RSG Turkiye

Student Symposium 2018

We are ready for our next event: Student Symposium 2018. Our event will be a satellite to HIBIT’18 and will take place in Antalya, a lovely city in Turkey. Check the details and register for free! Looking forward to seeing you all in Antalya! Sıradaki etkinliğimiz için hazırız: 2018 Öğrenci Sempozyumu. HIBIT’18e uydu olarak düzenlenen bu etkinliğimiz

RSG Turkiye

Koruma ve Biyoçeşitlilik Sorunlarını Çözmek İçin Evrimsel Genomik Sistem

Başlık: Koruma ve biyolojik çeşitlilikteki sorunların üstesinden gelmek için evrimsel bir genomik sistem Sunucu: Yrd. Doç. İsmail K. Sağlam, Hacettepe University Tarih: 16 Nisan, 2018 Dil: İngilizce Özet: Günümüzde koruma biyolojisi alanı bilimsel çabaların ön saflarına çıkmıştır; yalnızca koruma biliminin koruma uygulamalarına başarılı bir şekilde aktarılmasıyla ekosistemlerimizin sürdürülebilirliğine ve refahına yönelik tehditlerle mücadele etmeyi umabiliriz. Biyoloji

RSG Turkiye

Sunum Çağrıları

Follow here for English! Ogrenci Webinarlari Bilginizi ve deneyiminizi paylasmak mi istiyorsunuz? Artik projenizi, tezlerinizi ve belirli bir alandaki uzman bilgi birikiminizi webinarlarimiz araciligi ile paylasabilirsiniz! Formu doldurun ve ozet gonderiminiz bilimsel komitemiz tarafindan incelendikten sonra sizinle iletisime gecip gerekli ayarlamalari yapalim! Ozet Cagrisi – Ogrenci Sunumlari Gelecek webinarlarimiz icin davet edilmek uzere arastirmacilar onerin! Calismalariniza

Beste Turanlı

2018 yılı öğrenci sunumları başladı!

Yilin ilk ogrenci sunumu, 12 Mart 2018 tarihinde, doktora ogrencisi Melike Donertas tarafindan yapildi. Her canlinin tecrube ettigi biyolojik bir surec olan yaslanmanin konusuldugu ”Yaslanmayi hedef alan gen ekspresyon temelli ilac repozisyonu” isimli sunuma, dinleyiciler de sorulariyla eslik etti. Melike, bir bucuk saatlik sunum boyunca, kendi calismasinin metodolojisinin yani sira simdiye kadar yaslanma ile ilgili

RSG Turkiye

Bir Çalışmayı Anlamanın Kolay Bir Yolu: Öğrenci Sunumları

12 Mart’ta gerçekleştirilen bu yılın ilk öğrenci webinarını Melike Donertaş sundu. Kaçınılmaz biyolojik süreçlerden biri olarak yaşlanma, “Yaşlanmayı Hedeflemek İçin Gen İfadesine Dayalı İlaçların Yeniden Kullanılması” başlıklı sunumun odak noktasıydı. Neredeyse iki saat boyunca Melike, yalnızca ilacın yeniden kullanılmasına yönelik çalışmanın metodolojisini değil, aynı zamanda şimdiye kadarki yaşlanma çalışmalarına genel bir bakışı da sundu. Eş

R ile Populasyon Genetiği Simülasyonu Kursu

7-9 Şubat 2018 tarihleri arasında Biyogen, EkoEvo ve RSG Türkiye’nin ortak olarak düzenlediği ‘R ile Populasyon Genetiği Simülasyonlarına Giriş’ kursu ODTÜ...

workshop-tr
RSG Turkiye

RSG Turkiye’den Haberler (2017->2018)

Takvimde bir yili daha geride birakmisken, gectigimiz yil neler yaptik, bu yil icin planlarimiz neler sizlerle paylasmak istedik! 2017’de neler yaptik? 2017 disardan durgun gozukmus olsa da RSG Turkiye’de ciddi adimlarin atildigi, gelismelerin oldugu bir yildi. Aramiza bir cok yeni arkadas katildi. Turkiye’de hesaplamali biyoloji camiasinin buyumesine birebir tanik oluyor, ve bundan cok da guzel

RSG Turkiye

Biyomoleküler Komplekslerin Bütünleştirici Modellemesi

Başlık: Biyomoleküler Komplekslerin Bütünleştirici Modellemesi Sunucu: Doç. Dr. Ezgi Karaca, Dokuz Eylül Üniversitesi Tarih: 31 Ocak, 2018 Dil: İngilizce Özet: Yaşam, biyomoleküllerin orkestrasyonlu iletişimi yoluyla nanometre ölçeğinde işletilmektedir. Bu nano dünyayı inceleyerek, biyolojik makromoleküllerin nasıl işlediğine, hastalıklarla bağlantılı yollarla nasıl ilişkili olduklarına ve bunları hedefleyen ilaçların nasıl tasarlanacağına dair temel bir anlayış edinebiliriz. Bu anlayış, biyomoleküllerin

HIBIT 2017 Ardından

Bir baska eglenceli RSG Turkiye etkinligini arkada birakirken, yeni arkadaslarimizla tanismanin ve gelecekte guzel isler yapabilme ihtimallerinin dogmasinin...

symposium-tr
RSG Turkiye

Tür Düzeyinde Hesaplamalı Metagenomik

Dr. Can’ın (ODTÜ, Ankara – Türkiye) konuşmasının ardından sıradaki konuğumuz Almanya Berlin Robert Koch Enstitüsü’ndendi. Dr. Bernhard Y Renard, Berlin, Almanya’daki Alman bulaşıcı hastalıklar ulusal enstitüsü olan Robert Koch Enstitüsü’nde biyoenformatik araştırma grubuna başkanlık etmektedir ve Freie Universität Berlin’de matematik ve bilgisayar bilimleri bölümünde yardımcı kıdemli öğretim görevlisidir (Privatdozent). Dr. Renard’ın konuşması tür düzeyinde hesaplamalı