Webinar Hakkında
Sunucu
Özge Kürkçüoğlu: Doçent Doktor, İstanbul Teknik Üniversitesi
Özge Kürkçüoğlu, İstanbul Teknik Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nde doçent doktordur. Çalışmaları, protein yapılarının ağ temelli modellerini geliştirerek allosterik iletişimi ve ilaçlanabilir bölgeleri belirlemeye odaklanır; bakteriyel ribozom ve A sınıfı GPCR’ler üzerinde uygulamaları vardır.
Özet
Hastalıkları tedavi edecek yeni ilaçlar tasarlamak büyük bir bütçe ve zaman gerektirir. Burada hesaplamalı teknikler, protein kompleksleri üzerinde yeni ilaç bağlanma bölgeleri önererek, kritik bölgeleri hedefleyen sanal bileşik kütüphanelerini tarayarak ve de novo ilaç tasarımı için farmakofor modelleri sunarak deneysel çalışmalara yol gösterebilir. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı çalışmalarının çoğu bugün, proteinlerin aktif bölgelerini uzak bölgelerden değiştirebilen ve biyolojik etkinliklerini düzenleyebilen allosterik bölgelere odaklanıyor. Ayrıca allosterik bölgelerin organizmalar arasında düşük korunmuşluğu, hedeflenen proteinin aktif bölgesi yüksek oranda korunmuşken türe özgü bileşikler önermek için kullanılabilir. Bu konuşmada, protein yapıları üzerinde ilaç bağlanması için olası allosterik bölgeler önermek üzere geliştirilen rezidü etkileşim ağı modelini sunacağım. Model, proteinin doğal yapısını temas topolojisine dayanan çift yönlü ağırlıklı bir çizge olarak tanımlar. Ağ merkezilik ölçüleri (özellikle çizgeyi oluşturan düğümlerin arasındalığı) üçüncül etkileşimler yoluyla protein yapısı boyunca pertürbasyon alma ve gönderme kapasitesi yüksek rezidüleri ortaya çıkarır; bu da allosterinin özüdür. Modelin başarısı, çok sayıda hastalıkla ilişkili G-protein kenetli reseptörler (GPCR’ler) dahil olmak üzere farklı protein ve komplekslerde gösterilmiştir. Model açık, hesaplama açısından verimlidir ve herhangi bir kuvvet alanı gerektirmeden farklı protein komplekslerine uygulanabilir.
Tarih: 12 Şubat 2025 – 13.00 (GMT+3)
Dil: İngilizce
