Webinar Hakkında
Sunucu
Tandaç Furkan Güçlü: Doktora Sonrası Araştırmacı, Sabancı Üniversitesi
Tandaç Furkan Güçlü, doktorasını 2021’de Sabancı Üniversitesi Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyomühendislik alanında tamamladı ve o tarihten beri MIDST laboratuvarında doktora sonrası araştırmacı olarak EuroCC4SEE projesinde çalışıyor. Nokta mutasyonlarının protein yapısını ve ligand bağlanmasını nasıl etkilediğini haritalamak için moleküler dinamik, GPU hızlandırmalı serbest enerji pertürbasyonu ve ağ kuramı analizlerini kullanıyor. Çalışmaları dihidrofolat redüktazın alkimyasal taranması ve PDZ alanlarında allosterik ağ haritalaması üzerine yayınlara yol açtı; ayrıca hesaplamalı yapısal biyoloji için ölçeklenebilir HPC iş akışları ve eğitim programları geliştiriyor.
Özet
Antibiyotik direnci, bakteriyel mutasyonlar ilaç etkinliğini aşındırdıkça küresel sağlık için acil bir sorun oluşturuyor. Burada, dihidrofolat redüktazın trimetoprime ve onun 4′-deoksi türevine bağlanması üzerinde tekil amino asit mutasyonlarının etkisini ölçmek için GPU tabanlı yüksek başarımlı kümelerde alkimyasal serbest enerji pertürbasyon simülasyonlarından yararlanan yüksek verimli bir hesaplamalı iş akışı sunuyoruz. Deneysel ve yapısal çalışmalardan yola çıkarak 33 kilit pozisyon seçtik ve apo, trimetoprim bağlı ve 4′-deoksi trimetoprim bağlı formlar üzerinde 4.752 simülasyon gerçekleştirdik. Sonuçlar, göreli bağlanma serbest enerjisinde deneysel değerlere 1 kcal/mol yaklaşan mutasyona özgü kaymaları ortaya koyuyor ve türev bağlanmasını tercihen destekleyen sıcak noktaları belirliyor. Bu yaklaşım, mutasyon etkilerinin ilaç direnci araştırmalarıyla ilgili bir hassasiyette sistematik ve ölçeklenebilir biçimde değerlendirilmesine imkân veriyor.
Tarih: 27 Mayıs 2025 – 15.00 (GMT+3)
Dil: İngilizce